SAPA perustettiin vuonna 1970 kruununhakalaisessa Savanna ravintolassa osoitteessa Mariankatu 19. Alun perin nimeksi piti tulla Savannan Pallo, mutta nimeä ei hyväksytty, koska silloin urheiluseuran nimenä ei saanut olla ravintolan nimeä. Näin nimeksi tuli lyhyesti SAPA.
Seura sai oikeuden pitää ilmoitustaulua ravintolan tuulikaapissa ja käyttää logossaan ikkunamaalauksessa olevaa viinitynnyrin päällä istuvan munkin kuvaa. Urheilullisuutta logoon saatiin piirtämällä munkin jalkoihin jalkapallo, jalkapallokengät ja -sukat. Logon suunnitteli tunnettu taiteilija Osmo “Omppu” Omenamäki. Logoa pidetään edelleen yhtenä taiteellisesti onnistuneimmista seuralogoista. Myöhemmin juniorijoukkueiden tultua toimintaan muutettiin logo tyylitellyksi jalkapallokengäksi. Seuran nykyinen logo on vuodelta 2019.
Seuran ensimmäiset harjoitukset pidettiin talvella Pohjoisrannan jäällä ns. Halkolaiturin edustalla. Samana vuonna myös Mustikkamaa ja Kaisaniemi olivat harjoituspaikkoina. Heti ilmoittauduttiin miesten piirin sarjaan ja Suomen Cupiin. Ensimmäinen virallinen cup-ottelu pelattiin Leppävaaran urheilukentällä Leppävaaran Palloa vastaan. Jo seuraavana vuonna seura nousi pykälän ylöspäin Helsingin piirin sarjassa.
Pian alettiin suunnitella myös naisten joukkueen perustamista. Naisjalkapalloilu oli vielä uusi asia Suomessa, ja joukkueita oli vähän. Seura pääsi pelaamaan suoraan Suomen mestaruussarjaan. Vuonna 1972 naisten mestaruussarjan 10. lohkon kärjessä oli HJK 16 pistettä ja viimeisenä SAPA. Vaikka pelillistä menestystä ei tullut, SAPA oli kuitenkin mukana tässä historiallisessa prosessissa kaksi vuotta.
SAPA oli perustamassa Salibandyliittoa vuonna 1985. SAPA kuuluu siihen kolmen seuran koplaan, joka liiton lopulta perusti. Taustalla oli, että osalle futaajista talviharjoittelu ja pallon potkiminen oli myrkkyä. Myös salibandymaajoukkueessa esiintyi pari seuran pelaajaa. Vuosina 1986–87 pidettyyn mestaruussarjaan osallistui SAPAn joukkue. Myöhemmin seuran miehet pelasivat pääasiassa I-divisioonassa. Salibandyn merkittävä taustavaikuttaja oli Pertti Mäkinen. Kaudella 1990–1991 seuraan liittyi naisten mestaruussarjassa pelannut itähelsinkiläinen joukkue. Naisten joukkue voitti SAPAn nimissä SM-hopeaa ja sai useita pelaajia naisten maajoukkueeseen. Myöhemmin naisten joukkue fuusioitui erääseen vantaalaiseen seuraan.
Junioritoiminnan ensiaskeleet otettiin vuonna 1986. Jalkapallon junioritoiminta aloitettiin kesäkuussa 1986 Helsingin kaupungin kanssa pidetyn jalkapallokoulun jälkeen. Ensimmäisen jalkapallokoulun vetäjinä toimivat Jari Kinnunen, Antero Kokko ja Pertti Mäkinen. Samoihin aikoihin toimintaan liittyi myös SAPAn pitkäaikainen aktiivi Olli-Pekka Kuula. Futiskoulun jälkeen joukkue keskittyi harjoitteluun ja pelasi ystävyysotteluita. Seuraavan kauden talviharjoittelu oli suhteellisen verkkaista, enemmän leikkimielistä yhdessäoloa. Vuonna 1987 kaksi juniorijoukkuetta osallistui piirin sarjoihin, D-75 ja G-78 syntyneet pojat.
Ensimmäinen junioreiden kesäleiri pidettiin Sääksmäellä vuonna 1988. Myöhemmin junioreiden leiripaikaksi vakiintui Eerikkilän urheiluopisto Tammelassa. Toiminta jatkui 2020-luvun alkuun asti, jolloin koronapandemia katkaisi perinteen.
Junioritoiminta jatkoi voimakasta kasvuaan 1990-luvulla. Uusi joukkue perustettiin joka syksy F7-ikäluokkaan. Futiskouluperinne jatkui Kaisaniemen kentällä ja myös perinteinen Helsinki Cup kuului ohjelmaan. Vuonna 1990 seura saavutti ensimmäisen piirimestaruuden H-82 syntyneillä junioreilla. Vuonna 2020 perustettiin ensimmäinen tyttöjoukkue.
Junioritoimintaa kehitettiin ja laajennettiin ns. fair play-hengessä. Vuonna 1996 ja 1997 SPL Helsingin piiri valitsi SAPAn vuoden Fair Play-seuraksi. Valmentajien ja joukkueen kehittämiseen kiinnitettiin erityinen huomio. Vuonna 1998 Suomen Palloliitto palkitsi SAPAn vuoden Fair play-teolla. Vuoden jalkapallotekona palkittiin SAPAn ja kulttuurikeskus Caisan yhteistyössä järjestämä kansainvälinen jalkapallokoulu ”Football Connecting People” 10 000 markan lahjakortilla. Myös SPL Helsingin piiri palkitsi SAPAn samasta aiheesta.
Vuonna 2015 SAPAn junnujen harjoitusolosuhteet paranivat huomattavasti, kun seuran toiminta siirtyi Haapaniemen kentän tekonurmelle Kallioon Hämeentien varrelle. Kentän avajaisissa 1.11.2014 kentän vihki käyttöön presidentti Tarja Halonen. SAPA hallinnoi kenttää yhdessä Helsingin Ponnistuksen kanssa.
Monet SAPAn kasvatit ovat jatkaneet ammattilaiskentille asti. Veikkausliigassa vuosia pelannut Nosh A Lody (MYPA, FC KTP, HIFK) on SAPAn juniorimyllyn kasvatteja. Myös H-82-junioreissa pelannut Juha Kuula pelasi useita vuosia korkeimmilla sarjatasoilla miehissä eri seuroissa ja lopetti kilpailu-uran SAPAn miehissä III-divarissa. Suomen maajoukkueen ja Sparta Rotterdamin Janne Saksela aloitti jalkapalloilun SAPAn junnuissa. Myös naisten maajoukkueen vakiopelaaja Emma Koiviston ura alkoi SAPAsta.
SAPA täytti 50 vuotta vuonna 2020. Juhlavuotta oli tarkoitus juhlistaa monin tavoin. Valitettavasti näitä suunnitelmia ei päästy toteuttamaan Covid-19-viruksen aiheuttaman pandemian ja tiukkojen tapahtumarajoitusten vuoksi. Myös harjoitus- ja kilpailutoiminta oli pitkälti tauolla vuonna 2020 pandemian takia.
Miesten edustusjoukkue
SAPAn miehet tahkosivat parhaimmillaan vuosia IV-divisionassa. Merkittävä piristysruiske tapahtui Gösta Sundqvistin Johanneksen Dynamon hajotessa ja sen farmijoukkueen FC Capitals -joukkueen liittyessä SAPAan vuonna 1996. Seura sai paikkansa IV-divisioonassa. Omilla kavereilla täydennettynä ja juniorimaajoukkueessakin esiintyneen Raimo Lehtisen valmentamana joukkue nousi III-divisioonaan. Joukkueeseen saatiin myös merkittäviä vahvistuksia taustajoukkoihin.
SAPAn edustusjoukkue pelasi III-divisioonassa vuodet 1997–2015, kunnes kauden 2015 päätteeksi vauhtia lähdettiin hakemaan sarjaporrasta alempaa. Vuonna 2022 miesten edustusjoukkue ja SAPA3-joukkue yhdistivät toimintansa, ja joukkueista muodostettiin kolmosessa pelaava Edustus ja Nelosessa pelannut Savanna. Edustusjoukkue pelaa kaudella 2025 Nelosessa.